Фамилия Чистохат — редкий случай, когда прозвище почти не требует расшифровки: оно сложено из двух понятных русских корней, «чист» и «хат». Второй элемент — диалектное или старорусское «хата», то есть дом, жильё. Получается «чистая хата» — и это не метафора, а прямое указание на образ жизни или привычку человека. Так могли прозвать того, кто содержал дом в образцовом порядке, либо, что вероятнее, хозяина постоялого двора или корчмы, где чистота была частью дохода и репутации.

Модель образования нестандартна. Фамилия не получила типового суффибра —ов или —ин, а застыла в виде чистого прозвища-приложения. В русской ономастике такие случаи встречаются, но реже, чем в украинской или белорусской традиции, где прозвища в форме «Чистохат» легко переходили в фамилии без изменений. Это намекает на западнорусские или малороссийские корни рода: на территории современных Брянской, Смоленской областей, а также Украины и Белоруссии подобные составные прозвища были в ходу.

Вторая, менее очевидная версия — происхождение от топонима. В ряде регионов существовали хутора или урочища с названием Чистая Хата. Переселенцы, получив фамилию по месту выхода, могли сохранить её в форме Чистохат. Однако в этом случае ожидалась бы модель Чистохатский или Чистохатов — но факт остаётся фактом: фамилия закрепилась в краткой, «прозвищной» форме, что говорит скорее о личном, а не географическом происхождении.

Среди однокоренных фамилий — Чистодомов, Чистопольский, Чистохвалов. Но Чистохат стоит особняком: у неё нет суффикса принадлежности, и она не склоняется как типичная русская фамилия. В документах XIX века такую фамилию могли записать по-разному — Чистохат, Чистохатов, Чистохацкий — в зависимости от грамотности писаря и местных говоров. Поэтому нынешним носителям стоит учитывать, что в архивах предки могут значиться под слегка иным написанием.