Фамилия Чистохина образована от прозвища Чистоха. Этим прозвищем в старину называли чистоплотного, опрятного человека, а в северном Поволжье – франта, модника. Таким образом, фамилия Чистохина содержит указание как на характер предка, так и на особенности его поведения. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чистоха, со временем получил фамилию Чистохин.