Фамилия Чистоходова — женская форма фамилии Чистоходов. В её основе лежит прозвище Чистоход, которое, скорее всего, дали человеку с опрятной, быстрой или лёгкой походкой. В русских говорах слово «чистоход» могло означать не только «тот, кто ходит чисто», но и «скороход», «проворный ходок». Иногда так называли человека, который следил за чистотой на дворе или в доме, но это значение — более позднее и менее вероятное для прозвища.

Словообразовательная модель проста: к основе «чистоход» добавили патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях отвечал на вопрос «чей?». Чистоходов — буквально «сын Чистохода». Суффикс -а в женской форме — стандартное грамматическое окончание, указывающее на принадлежность к роду.

Фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания о крестьянах и посадских людях с таким прозвищем, но массового распространения оно не получило. Интересно, что фамилия не связана с дворянскими родами или известными историческими личностями — это типичная «низовая» фамилия, образованная от бытового прозвища простого человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Чистоплюев, Чистопольский, Чистяков) показывает, что корень «чист-» в прозвищах часто имел положительный оттенок — указывал на аккуратность, порядок или даже моральную чистоту. Однако в случае с Чистоходовым акцент именно на физическом качестве: походке. Если бы прозвище дали за ремесло, скорее всего, появилась бы фамилия Чистодворов или Чистопольцев, но этого не произошло.

В современном русском языке фамилия не имеет прямых аналогов за пределами восточнославянского ареала. В украинском языке ей соответствовала бы форма Чистоходенко, в белорусском — Чистоходовіч. Социальный контекст фамилии — крестьянская или мещанская среда, где прозвища давали по внешним признакам, а не по роду занятий.