Фамилия Чистоткин образована от прозвища Чистотка. Оно ведет свое начало от прилагательного «чистый» - «опрятный, содержащийся в чистоте», «исполненный высокой нравственности, добродетели», «беспорочный, невинный, целомудренный». Вероятно, прозвище либо содержало указание на особенности внешности (лоск, аккуратность), либо на черты характера и поведение основателя фамилии (добрый, открытый, правдивый). Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило диалектное нарицательное «чистотка» - «щеголь». В таком случае Чистоткой могли именовать любителя модных, ярких и дорогих нарядов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чистотка, со временем получил фамилию Чистоткин.