Фамилия Чистоткина — женская форма, мужская — Чистоткин. В основе лежит прозвище или мирское имя Чистотка. Разберём, как оно возникло.

Первый очевидный слой — прилагательное «чистый». Но суффикс -отк- в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он образует отвлечённые существительные (чистота, доброта, краснота), а в личных прозвищах закрепляется редко. Здесь, скорее всего, мы имеем дело с моделью, где -отк- — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный суффикс, как в словах «молодка», «красотка». Чистотка — женщина, которую прозвали за опрятность, аккуратность, склонность к порядку. Либо, напротив, иронично — за чрезмерную чистоплотность, доходящую до брезгливости.

Вторая версия связывает фамилию с диалектным словом «чистотка». В некоторых говорах так называли растение чистотел (народное название «чистотка» бытует до сих пор). Прозвище Чистотка мог получить травник, знахарь, лечивший соком чистотела кожные болезни. Или же человек, живший рядом с местом, где росло много этого растения.

Третья, менее вероятная гипотеза — от профессии. В старину существовало слово «чистильщик», но с суффиксом -отк- оно не зафиксировано. Скорее, Чистотка — это именно бытовое прозвище, а не ремесленное обозначение.

Географически фамилия Чистоткин (и Чистоткина) встречается в центральных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где диалектная лексика богата такими словоформами. Встречается и в Поволжье, но реже.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чистов, Чистяков, Чистопольский — показывает, что Чистоткина стоит особняком: она образована не от прилагательного напрямую, а от существительного с редким суффиксом, что делает её более редкой и локально привязанной. Носительница фамилии может с высокой вероятностью происходить из семьи, где предка звали Чистоткой — за опрятность, знахарство или ироничное отношение к чрезмерной чистоте.