Фамилия Чистота — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, а отвлечённое понятие. В русской традиции такие фамилии встречаются нечасто и обычно указывают на искусственное, книжное происхождение. Скорее всего, Чистота — это не крестьянская фамилия, а семинарская: её могли дать в духовном училище способному или примерному ученику как награду за безупречное поведение, нравственную чистоту. В среде духовенства любили образовывать фамилии от абстрактных добродетелей: Смирнов, Благочестин, Добронравов, Чистота стоит в том же ряду.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «чист-» (от «чистый» — без примесей, опрятный, непорочный) и суффикс «-от-а», который в русском языке образует существительные со значением качества или свойства (доброта, красота, простота). Фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа — это грамматически женский род, но носителем мог быть и мужчина. Такое оформление характерно для украинских фамилий (Шевченко, Коваль) и для прозвищных русских фамилий, которые не склонялись, но в случае с Чистотой это, скорее, исключение, подтверждающее семинарское происхождение.

География фамилии узкая. Чистота встречается в основном на юге России и в Беларуси — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Минской и Гомельской областях. Это косвенно подтверждает версию о семинарском корне: в XIX веке духовные училища на южных и западных окраинах империи часто давали выпускникам «говорящие» фамилии, чтобы отличить их от простых крестьян. В центральных губерниях эта фамилия почти не встречается.

Существует и бытовая версия: прозвище Чистота могли дать человеку, который был очень аккуратен в быту, следил за чистотой в доме или одежде. Но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Чистотин или Чистов — с типичным суффиксом принадлежности. Форма Чистота без суффикса указывает на то, что слово воспринималось как имя-качество, а не как прозвище конкретного человека. Поэтому семинарское происхождение выглядит убедительнее.

Сравнение с однокоренными фамилиями тоже показательно. Чистов, Чистяков, Чистоплюев (от «чистоплюй») — все они образованы по стандартным моделям. Чистота выпадает из этого ряда, что лишний раз подтверждает её искусственный, «кабинетный» характер. Носителям этой фамилии стоит иметь в виду: их предок, скорее всего, был не крестьянином и не ремесленником, а выпускником духовной школы, получившим фамилию как характеристику своей личности.