Фамилия Чистотин — наглядный пример того, как прозвище, данное за личное качество или привычку, превратилось в фамилию. В основе лежит прилагательное «чистый» или глагол «чистить». В отличие от фамилий, образованных от названий профессий (типа Кузнецов или Плотников), Чистотин отсылает не к роду занятий, а к поведению человека. Так могли прозвать опрятного, аккуратного крестьянина, который следил за собой и своим домом больше других. В диалектах слово «чистота» могло иметь и переносное значение — честность, порядочность, так что прозвище могло закрепиться за человеком неподкупным и прямодушным.

Суффикс -ин указывает на древнейшую модель образования русских фамилий — от основ, оканчивающихся на -а или -я. Прозвище Чистота (или Чистотин — в краткой форме, от «чистота» через «чистот-») дало форму притяжательного прилагательного: «чей сын?» — Чистотин. То есть буквально «сын Чистоты». Это ставит фамилию в один ряд с такими, как Грязнов, Белов, Добротин — все они образованы от качественных характеристик человека, но Чистотин встречается заметно реже, чем, скажем, Чистов.

Одна из особенностей фамилии — её возможная связь с прозвищем Чистотка. В некоторых говорах «чистоткой» называли человека, который слишком рьяно наводит порядок или придирается к мелочам. В этом случае фамилия могла нести ироничный оттенок. Географически фамилия Чистотин тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к Вологодской и Архангельской губерниям, где в документах XVI–XVII веков фиксируются крестьяне с прозвищем Чистой.

Словообразовательно фамилия проста, но не тривиальна: она использует редкую для русских фамилий основу «чистот-», а не более частую «чист-». Это отличает её от массовых Чистовых и Чистяковых. Сословно Чистотины — почти поголовно крестьяне и мещане, дворянских родов с такой фамилией в истории не отмечено. Таким образом, фамилия Чистотин — это не про профессию, а про характер: её носитель, скорее всего, потомок человека, которого в деревне ценили за аккуратность и порядок.