Фамилия Чистоусова — женская форма, а её мужской вариант Чистоусов. В основе лежит прозвище Чистоус. Как и многие русские фамилии, она образована по патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность к роду — «сын Чистоуса» или «из семьи Чистоусовых».

Прозвище Чистоус — составное слово, где первая часть «чистый», а вторая «ус» (усы). Так могли прозвать человека, который тщательно следил за своей внешностью: аккуратно подстригал или брил усы, не носил неопрятной растительности на лице. В крестьянской среде, где мужчины часто ходили с бородой и усами, такая опрятность выделяла человека. Есть и другая версия: прозвище могло быть ироничным — его давали тому, кто, наоборот, имел неопрятные, грязные усы, то есть «чистый ус» в противовес реальности. Но первое объяснение, прямое, встречается в ономастической литературе чаще как основное.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Чистоусов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Кривоусов, Белоусов, Долгоусов. Все они образованы от прозвищ, описывающих внешний признак — форму, цвет или состояние усов. Фамилии этого типа относятся к так называемым «семейным прозвищам» и не связаны с сословным происхождением: их могли носить и крестьяне, и мещане, и служилые люди.

Географически фамилия Чистоусов встречается в центральных и южных регионах России, особенно в бывших чернозёмных губерниях. Встречается она и у старообрядцев: в некоторых общинах строго следили за внешним видом, и прозвище, подчёркивающее опрятность, могло там возникнуть.

Итог: фамилия Чистоусова буквально означает «потомок того, кого звали Чистоус», то есть человека, который либо был известен своими ухоженными усами, либо получил это прозвище в насмешку. Никакого тайного или дворянского происхождения у неё нет — это обычная русская фамилия, родившаяся из бытового наблюдения.