Фамилия Чистухина — это женская форма фамилии Чистухин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Чистуха. Основа здесь — прилагательное «чистый» в значении «опрятный, аккуратный, незапятнанный». Модель образования проста: корень «чист-», суффикс «-ух-» (характерный для русских прозвищ, часто с оттенком фамильярности или ласкательности) и окончание «-а». Такие прозвища, как Чистуха, Чистяк, Чистюля, давали людям за любовь к порядку, чистоплотность или, в ироничном ключе, за чрезмерную брезгливость.

Мужской вариант Чистухин встречается в исторических документах. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Чистуха, живший в конце XV века в Новгородской земле. Это указывает на северо-западное происхождение фамилии. Позже фамилия распространилась по центральным губерниям России, особенно в Ярославской и Костромской областях, где суффикс «-ух-» в фамилиях встречается чаще, чем в южных регионах.

Слово «чистуха» имело и бытовое, диалектное значение. В некоторых говорах так называли особо чистую, без примесей, ржаную муку или кашу из неё. Поэтому нельзя исключать, что прозвище могло относиться к пекарю или мельнику, который славился качеством своего продукта. Эта версия менее вероятна, чем прозвище по характеру, но лишний раз показывает, как за фамилией может стоять не одна, а две-три житейские истории.

Фамилия Чистухина — относительно редкая. Она не относится к дворянским (в родословных книгах не зафиксирована), а указывает на крестьянское или мещанское сословие. В современной России носительницы этой фамилии встречаются в основном в Центральном федеральном округе, а также на Урале, куда переселенцы из северных губерний уходили в XVIII–XIX веках.