Фамилия Чистухин — один из тех редких случаев, когда основа говорит сама за себя, но детали образования заставляют задуматься. Корень здесь — «чист-», от прилагательного «чистый». Однако суффикс «-ух-» сразу выбивается из ряда стандартных русских фамильных моделей. В русском языке этот суффикс чаще всего встречается в прозвищах и неофициальных именах: он придаёт слову оттенок просторечия, иногда ласкательности, а иногда иронии. Сравните: «толстуха», «грязнуха», «белуха». «Чистуха» — так в народе могли назвать человека опрятного, аккуратного, возможно, даже брезгливого, либо того, кто следил за чистотой в доме или на дворе. Суффикс «-ин» в конце — стандартный патронимический (притяжательный) показатель: «чей?» — «Чистухин», то есть сын или потомок Чистухи.

Таким образом, фамилия образована не напрямую от слова «чистый», а через промежуточную ступень — прозвище Чистуха. Это типичная «прозвищная» фамилия, каких много в северных и центральных регионах России, где была распространена модель на «-уха» → «-ухин». Примечательно, что у фамилии есть «двойники»: Чистов, Чистяков, Чистоплюев. Но Чистухин стоит особняком — он указывает не просто на качество, а на конкретное бытовое прозвище, которое могло закрепиться за человеком в деревне или слободе. В отличие от фамилий на «-ов/-ев», которые часто носили дворяне и крестьяне центральных губерний, фамилии на «-ин» (особенно с нестандартной основой) чаще встречались в среде крестьян и посадских людей северо-востока Руси.

Однозначной географической привязки у фамилии нет, но в переписных книгах XVII–XVIII веков прозвище Чистуха фиксировалось в Вятском крае и на Русском Севере. Вятка и Пермская губерния — зона, где суффикс «-ух-» в прозвищах был особенно активен. Поэтому с высокой вероятностью предки Чистухиных были государственными или монастырскими крестьянами из этих мест. Версия о происхождении от слова «чистый» в значении «не имеющий долгов» или «искренний» возможна, но менее вероятна: такие отвлечённые значения редко давали прозвища с суффиксом «-уха». Куда правдоподобнее, что Чистухой называли человека, который слишком часто мылся, носил чистую одежду или, напротив, наводил порядок в общем хозяйстве — в крестьянской среде такая черта могла выделяться и запоминаться.