Фамилия Чистухины образована от прозвища или нецерковного имени Чистуха. В основе лежит прилагательное «чистый», но его значение в прозвище могло быть разным. Чаще всего Чистухой называли опрятного, аккуратного человека, который следит за собой и своим домом. Однако в северных и сибирских говорах слово «чистуха» имело и другое значение — так называли вид рыбы (сига) или даже гриб (подберезовик). Поэтому не исключено, что прозвище прикрепилось к рыболову или человеку, связанному с лесом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чистухины — это «дети Чистухи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, где основа чаще мужского рода, -ин закрепился за основами женского грамматического рода, хотя сам Чистуха мог быть мужчиной.

По географии фамилия редкая и имеет локальный характер. В дореволюционных источниках Чистухины встречаются преимущественно в Вятской и Пермской губерниях. Это территория бывшего русского Севера и Приуралья, где сохранялись архаичные прозвищные формы. Вятка и Пермь — регионы, где слово «чистуха» в значении «опрятный человек» фиксируется в диалектных словарях.

С точки зрения социального состава, Чистухины, скорее всего, были государственными или черносошными крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, и в родословных книгах она не упоминается. Это фамилия крестьянского корня, что подтверждается и её словообразовательной моделью — без книжного суффикса -ский.

В написании фамилия устойчива: Чистухины. Вариант с одной «н» (Чистухины) — единственно верный, так как суффикс -ин не требует удвоения. Встречающееся изредка написание через «ы» на конце (Чистухин) — это форма единственного числа, а Чистухины — множественного, под которой семья и фигурирует в документах.