Фамилия Чистююхин — редкая и на первый взгляд неудобопроизносимая, но её происхождение прозрачно. В её основе лежит слово «чистюха» или «чистюля» — человек, который чрезмерно, даже навязчиво следит за чистотой, брезгливый или аккуратный до педантизма. В русских говорах у слова был и более широкий смысл: так могли назвать того, кто избегает грязной работы, «белоручку», или, напротив, добросовестного хозяина.

Разобраться с суффиксами помогает знание северных и сибирских фамильных моделей. Формант -юх- — характерный для русских прозвищных фамилий, образованных от прилагательных с уменьшительно-пренебрежительным оттенком (сравните: горюха, бродюха). А конечное -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чистююхин, то есть сын или потомок Чистююхи. Получается, что фамилия прошла путь: прозвище Чистююха (человек с чертой чистюли) → фамилия Чистююхин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где -юх- как прозвищный суффикс встречается чаще, чем на юге. Встречаются варианты написания через «щ» — Чистющин, но это уже другая, хотя и родственная, фамилия. По сути, Чистююхин — это прозвище, закрепившееся в роду: предок мог получить его за то, что был либо образцовым хозяином, либо, наоборот, чудаком, который мыл руки после каждого прикосновения к чему-либо. Социальный статус носителя по фамилии не определяется: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину, и купцу.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образуются от полных имён, Чистююхин стоит в ряду «характерологических» фамилий, где в основе — яркая черта поведения. Других версий происхождения, кроме как от прозвища, у этой фамилии нет — корень слишком прямолинейный, чтобы предполагать заимствование или сложную этимологию.