Фамилия Чобаника звучит не по-русски, и это ключ к её разгадке. В основе лежит румынское или молдавское слово cioban — «пастух». В молдавском и румынском языках суффикс -икэ (-ică) образует уменьшительно-ласкательные или «женские» формы. Соответственно, Чобаника — это не просто «пастух», а скорее «пастушок», «маленький пастух» или, по другой версии, «дочь пастуха» (если фамилия образована от женского прозвища — например, так звали жену пастуха). В русской записи конечное «-а» закрепилось как типичное фамильное окончание.

Географически фамилия тяготеет к Молдавии и западным областям Украины (Бессарабия, Буковина), а также к югу России, куда переселялись молдавские крестьяне. Встречаются варианты написания: Чобэника, Чобоника, Чобану. Родственная, но более распространённая фамилия — Чобану (прямое «пастух»), а Чобаника — более редкая, локальная форма.

Словообразовательная модель проста: основа чобан- + суффикс -ик- + фамильное окончание -а. По происхождению это типичная «профессиональная» фамилия, но с уменьшительным оттенком. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (Иван — Иванов), здесь сразу закреплено прозвище самого человека или его семьи. Если предок носил прозвище Чобаника, это могло означать, что он был молодым подпаском, либо, напротив, так его называли с иронией — «пастушок», если он был человеком невысокого роста или занимался не самым престижным делом.

В словарях восточнославянских фамилий (например, у Б. Унбегауна) молдавские заимствования разбираются отдельно, и фамилия Чобаника — характерный пример того, как румынское слово с уменьшительным суффиксом превратилось в устойчивую русскую фамилию. Никаких других версий, кроме пастушеской, у этой фамилии нет — тюркские корни (от чобан — «пастух» в тюркских языках) тоже возможны, но в случае с формой на -ика более вероятно именно молдавско-румынское влияние.