Фамилия Чотоева образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Чото. Суффикс указывает на принадлежность: Чотоев — сын или потомок Чото. Женская форма Чотоева закрепилась в паспортной системе как неизменяемая фамилия по отцу или мужу.

Корень фамилии — Чото — скорее всего, восходит к тюркскому или кавказскому мужскому имени. В тюркских языках, особенно в киргизском и казахском, имя Чото (вариант Чот) встречается как личное имя. Оно может быть связано с глаголом «чот» — «считать, исчислять» или с числительным «чото» (в некоторых диалектах — «сорок»). В таком случае имя могло означать «сороковой ребёнок» или даваться по счёту детей в семье. Есть и другая версия: имя Чото может быть сокращением от двусоставных имён, например, Чотонбай, где первая часть означает «трава» или «степь».

Фамилия Чотоева — редкая. В России она встречается преимущественно на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, а также в среде балкарцев и карачаевцев. Это объяснимо: у этих народов имя Чот (Чото) бытовало как мужское, а фамилии на -ев активно формировались в XIX веке при записи в метрические книги. Таким образом, Чотоева — не русская по происхождению, а русифицированная фамилия, закреплённая документально у народов тюркской языковой группы.

Интересная деталь: в балкарском языке слово «чот» имеет значение «метка, знак» или «счётная зарубка». Если имя Чото было прозвищем, то его мог получить человек, который вёл учёт скота или имущества, делал зарубки на бирках. Ремесло счётчика или учетчика в традиционном горском обществе было уважаемым, и прозвище могло перейти в фамилию. Сословно предки Чотоевых, скорее всего, относились к свободным крестьянам или узденям (дворянам низшего ранга) — точных данных нет, но в балкарской среде фамилии на -ев редко указывают на княжеское происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: Чотоева и Чотаева встречаются как параллельные формы, что связано с разной передачей гласной в имени-основе при записи в документах. Однако паспортная норма закрепила написание через «о».