Фамилия Чойнбекова — яркий пример фамилии, сформированной в тюрко-монгольской ономастической традиции. Её основа восходит к мужскому имени Чойнбек, которое, в свою очередь, состоит из двух частей. Первая часть — «чойн» — это фонетический вариант монгольского слова «цойн» или тибетского «чойн», означающего «религия», «дхарма» (буддийское учение) или «закон». В буддийских общинах Центральной Азии это слово часто входило в состав имён, обозначая приверженность духовному пути. Вторая часть — «бек» — тюркский титул, означающий «господин», «князь», «предводитель». Таким образом, имя Чойнбек можно перевести как «религиозный господин» или «князь веры».

Фамилия образована по модели, характерной для народов, говорящих на тюркских языках: к мужскому имени добавляется суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Чойнбеков). Женская форма — Чойнбекова — образована по правилам русской грамматики, что типично для фамилий, вошедших в российский документооборот. Такие фамилии массово фиксировались у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии в XIX–XX веках при переходе к паспортной системе.

Географически фамилия Чойнбекова наиболее распространена в Киргизии и Казахстане, а также среди этнических киргизов и казахов, проживающих в России. Встречаемость её невысока, что говорит о сравнительно позднем закреплении или узкой родовой ветви. Интересно, что в отличие от многих фамилий на -беков (например, Абдыбеков, Ташибеков), где вторая часть имени указывает на социальный статус предка, здесь первая часть («чойн») придаёт имени отчётливую буддийскую окраску. Это может указывать на то, что предок носителя фамилии был либо монахом, либо уважаемым знатоком буддийского учения, либо его имя дали в честь религиозного праздника.

Поскольку фамилия не является древнерусской, в словарях Б. Унбегауна или В. Никонова она не упоминается. Однако её разбор подтверждает типичную для Центральной Азии практику: основой фамилии стало составное имя, отражающее как вероисповедание, так и родовитость. В современном контексте носительница фамилии Чойнбекова может принадлежать к семьям, сохранившим память о кочевом прошлом и буддийских корнях, что делает её редким маркером культурной идентичности.