Фамилия Чрнышева — редкий и показательный случай того, как орфография прошлых веков застыла в документе. Перед нами не вариант написания «Чернышева» с ошибкой, а её историческая форма, где «р» выступает как слогообразующий согласный. В древнерусском языке и в церковнославянских текстах сочетание «р» между согласными часто не требовало гласной буквы: слово «чрънъ» (чёрный) писали как «чрнъ». Фамилия Чрнышева — это прямой потомок такого написания, которое закрепилось в переписных книгах или метриках и не было исправлено при унификации орфографии в XIX–XX веках.

Основа фамилии — прозвище Чрныш (или Черныш), которое давали человеку за тёмный цвет волос, смуглую кожу или, реже, за постоянное ношение чёрной одежды. В русской ономастике это прозвище было одним из самых распространённых, но именно форма с «р» без гласной встречается локально — преимущественно на территориях, где долго сохранялось влияние старой книжной традиции: в среде духовенства, купечества или в северных говорах. Суффикс «-ев» (а не «-ов») в форме Чрнышев указывает на принадлежность: «чей?» — сын Чрныша. Вариант Чрнышева — женская форма, которая в официальных документах часто закреплялась за вдовой или дочерью, но в быту могла обозначать и жену.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Чернышёв, Чернышов, Чернавин — все они восходят к тому же корню, но Чрнышева стоит особняком. Это не вариант «сокращённого» написания, а архаичная модель, которую в XIX веке могли сознательно сохранять как признак старинного рода или грамотности по старым канонам. Встречаемость фамилии крайне низкая, и почти все её носители — потомки одной небольшой ветви, вероятно, из центральных губерний России, где в приходских книгах писали именно так, без лишней буквы «е».

Таким образом, Чрнышева — не «испорченная» Чернышева, а реликтовая форма, которая хранит память о том, как звучала и писалась русская речь до реформ Петра I и орфографической реформы 1918 года.