Фамилия Чубиева — женская форма от Чубиев, и её разумнее рассматривать через мужской вариант, так как именно он указывает на родоначальника. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Чубий. Корень «чуб» в русских говорах имел несколько значений: прядь волос, хохол, а также — в переносном смысле — бойкий, задиристый человек. Встречались прозвища Чуб, Чубатый, Чубий, и от последнего с помощью патронимического суффикса -ев и образовалась фамилия. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й.

Географически фамилия Чубиев тяготеет к южнорусским и казачьим регионам, особенно к Ростовской области, Краснодарскому и Ставропольскому краям, а также к Северному Кавказу. В осетинской среде встречается фамилия Чубиев, но её корни могут быть иными — от тюркского или иранского личного имени. Однако для русского ономастикона модель «прозвище + -ев» — самая прямая и вероятная. Сравните с фамилиями Чубаров, Чубин, Чубай — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Чубиев — одна из менее частых форм, что говорит о локальном бытовании прозвища Чубий.

Если исходить из прозвищной версии, предок Чубиевых мог быть обладателем заметного чуба или же человеком с живым, «чубоватым» характером — вспыльчивым, но отходчивым. В казачьей среде чуб был не просто прической, а знаком принадлежности к вольному воинскому сословию, так что фамилия могла закрепиться за выходцами из донских или кубанских станиц. Документальных подтверждений этому в открытых источниках нет, но региональная привязка и семантика корня делают такую версию основной.