Фамилия Чубот звучит необычно, но её происхождение прозрачно и укладывается в одну из самых распространённых моделей русских фамилий. Основа здесь — прозвище Чубот, а суффикс нулевой, что встречается реже, чем фамилии на -ов или -ин. Такая бессуффиксная форма характерна для украинской и южнорусской традиции: Чубот, а не Чуботов.

Прозвище Чубот напрямую связано со словом «чобот» (или «чоботы») — так в старину называли сапоги, особенно высокие, кожаные, часто с каблуком. Слово пришло из тюркских языков, где čabata означало грубую обувь, лапти, но в русских говорах закрепилось именно за сапогами. Соответственно, Чуботом могли прозвать сапожника, мастера по пошиву обуви, либо человека, который постоянно носил заметные, дорогие сапоги — то есть прозвище могло быть и профессиональным, и бытовым, указывающим на внешнюю примету.

В украинском языке слово «чобіт» (сапог) дало множество фамилий — Чобот, Чоботарь, Чоботенко. Фамилия Чубот с буквой «у» вместо «о» — это результат диалектного произношения или аканья, когда безударное «о» перешло в «у». Такая замена характерна для некоторых южнорусских и белорусских говоров. Поэтому географически фамилия Чубот тяготеет к западным и южным областям России, а также к Украине.

Встречается и другая версия: от слова «чубатый» — имеющий чуб, длинную прядь волос. Но тогда ожидалась бы форма Чубат, а не Чубот. Фонетически переход «а» в «о» под ударением маловероятен, а вот связь с обувью («чобот») и оглушение звонкого «б» на конце до «п» (Чубот → Чубот) — лингвистически более убедительный путь.

Сословного барьера у фамилии не было: сапожное ремесло кормило и крестьян, и мещан, и казаков. В казачьей среде прозвища по обуви встречались часто — сапоги были не только необходимостью, но и частью статуса. Так что предки носителя фамилии Чубот с большой вероятностью были либо искусными сапожниками, либо людьми, которых запомнили по их приметной обуви.