Фамилия Чукетаева — вариант женского рода от мужской Чукетаев. В её основе лежит прозвище или имя Чукетай, а само словообразовательное гнездо неочевидно и заставляет обратиться к нескольким версиям. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от тюркской основы: так оформляли фамилии, когда исходное слово оканчивалось на мягкий согласный или -й (Чукетай → Чукетаев).

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «чуке» или «чюке» — в ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) так называют мелкую монету, копейку или вообще мелкую деньгу. Суффикс -тай в тюркских именах и прозвищах часто придаёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок («чукетай» — буквально «денежка», «мелкая монетка»). Прозвище Чукетай могли дать человеку невысокого роста, щуплому или тому, кто был прижимист, копил мелочь. В русских говорах слово «чука» тоже означало «мелочь, кроха», что делает версию ещё крепче.

Менее распространённая, но возможная версия — от арабского имени Чуки (вариант Шуки) со значением «благодарный», с добавлением тюркского -тай. Однако в этом случае форма Чукетаев звучит как явно тюркская адаптация, а не прямое арабское заимствование.

Географически фамилия Чукетаев встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на её происхождение в среде татар, башкир или мишарей, которые в XIX веке при переписях и паспортизации часто получали фамилии на -ев/-ов от своих прозвищ. Сословно предки Чукетаевых могли быть государственными крестьянами, ясачными людьми или мещанами — в этих средах имена-прозвища были особенно живучи.

В написании фамилии возможен вариант Чукитаев (через «и»), но в русской передаче закрепилась форма с «е» — Чукетаев. Ударение в большинстве говоров падает на последний слог: Чукета́ев.