Фамилия Чухутин — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чухутин, то есть сын или потомок Чухуты. Но если бы фамилия была образована от имени или прозвища Чухут, мы бы ждали форму Чухутов. Суффикс -ин здесь, скорее всего, возник из-за того, что исходная основа оканчивалась на -а: Чухута. Такое окончание типично для прозвищ или уменьшительных форм.

Корень чух- в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «чухать» значит «чесать», «скрести», а «чухаться» — «медлить», «копаться». Прозвище Чухута могли дать либо нерасторопному человеку, либо тому, кто постоянно чесался — например, из-за кожной болезни. Вторая версия связывает корень с этнонимом «чухна» — так в старину на северо-западе России называли финно-угорские народы, в частности ижору или водь. Чухута могло быть прозвищем пришлого человека с этих земель.

С точки зрения географии фамилия Чухутин тяготеет к центральным и южным областям России, но встречается редко. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется в основном в крестьянской среде, что говорит о её простонародном происхождении. Дворянских родов с такой фамилией не известно — ни в «Бархатной книге», ни в родословных сборниках она не значится.

Необычность фамилии ещё и в том, что она не даёт однозначной отсылки к профессии или имени в святцах. Это чисто прозвищная модель, где за основой стоит живая диалектная речь. Если предок был Чухутой, то его прозвище, скорее всего, звучало для окружающих ярко и метко — а потомки получили фамилию, которая эту меткость сохранила.