Фамилия Чунин образована от прозвища Чуня. Чунями в старину называли домашние пеньковые лапти или зимние теплые лапти. Скорее всего, прозвище Чуня относится к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка, который изготавливал чуни. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чуня, со временем получил фамилию Чунин.