Фамилия Чунюкин — один из тех случаев, где на первый взгляд ясная основа неожиданно упирается в редкое или диалектное слово. Разберем её по косточкам.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чунюкин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу или имени Чунюка. Сама основа «Чунюк» могла возникнуть двумя путями. Первый: от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «чун» (чунг), означающий «тяжелый», «грубый», «большой», а также «чун» как «колокол» или «звон». Второй, более вероятный для русской среды, — от диалектного глагола «чунить» или «чунеть». В рязанских, тамбовских и воронежских говорах «чунить» означало «шалить, проказничать», а «чуня» — прозвище шалуна, баловника. В других областях «чуня» — это ленивый, вялый человек или просто «чуня» как ласковое обращение к ребенку.

Таким образом, Чунюк — это либо уменьшительно-ласкательная форма от прозвища Чуня (с тюркским суффиксом -юк, который мог прийти через соседние народы), либо прямое заимствование тюркского «чун» с тем же суффиксом. Фамилия недвусмысленно указывает на характер или поведение предка: скорее всего, это был озорник, шалун, или, наоборот, человек медлительный, «чунь». Встречается она преимущественно в центральных и южных областях России, где были сильны тюркские влияния и сохранялась диалектная лексика. Важно не путать её с фамилией Чунякин — там основа «чуняк» от «чуня» (вид обуви), что меняет всю этимологию. Чунюкин же — фамилия прозвищная, живая и диалектная, без связи с обувью.