Фамилия Чунис — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит разобрать её по составу и посмотреть на возможные географические и языковые корни.

Проще всего предположить, что перед нами фамилия с основой «чун-» и суффиксом «-ис». Такое окончание нетипично для исконно русских фамилий (где преобладают -ов, -ев, -ин). Суффикс «-ис» часто встречается в литовских и латышских фамилиях (например, Балтрушайтис, Садаускас), а также в некоторых фамилиях белорусского и польского происхождения, где он мог быть адаптирован. Поэтому первая и самая правдоподобная версия — балтийские корни. В литовском языке есть слово «čiūnis» (читается примерно как «чюнис»), которое означает «бочка» или «кадка». Прозвище Чунис могли дать бондарю — мастеру по изготовлению бочек, либо человеку плотному, коренастому, похожему на бочку.

Вторая версия, хоть и менее вероятная, связывает фамилию с русским диалектным словом «чуни» — так в некоторых областях называли пеньковые лапти или домашние тапки. В этом случае прозвище Чуня мог получить либо тот, кто плел такую обувь, либо человек, который её носил (например, бедняк). Однако суффикс «-ис» к русской основе «чун-» прирастает неестественно. Если бы фамилия была русской, она скорее звучала бы как Чунин или Чунёв. Форма Чунис могла возникнуть в результате полонизации или литуанизации исходного русского прозвища на территориях, где смешивались языки (например, в Беларуси или на Смоленщине).

Третья, совсем редкая возможность — греческое происхождение. В греческом языке есть слово «τσούνης» (цунис) — «горбун» или «человек с горбинкой». Однако для фамилии Чунис, распространенной на постсоветском пространстве, эта версия экзотична и вряд ли является основной.

География фамилии Чунис размыта, но чаще всего её носители встречаются в Беларуси, Литве и на северо-западе России. Это подтверждает балтийскую или западнорусскую версию. Сословной принадлежности предков определить без генеалогического исследования невозможно: фамилия могла принадлежать как крестьянину-бондарю, так и ремесленнику из местечка. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии Чунис с высокой вероятностью имеет предков из региона исторического Великого княжества Литовского, где переплетались славянские и балтийские языки.