Фамилия Чупайла — одна из тех, что ставит исследователя в тупик. На первый взгляд кажется, что перед нами украинская или белорусская фамилия с характерным суффиксом -айло, который часто указывает на деятеля: крича́йло (крикун), лама́йло (разрушитель). Однако корень «чуп-» не даёт однозначного толкования.

Самый вероятный источник — прозвище от глагола «чупать» (или «чупати» в юго-западных говорах). В украинских и белорусских диалектах «чупати» означает «щупать», «ощупывать», «хватать». Чупайлой могли назвать либо суетливого, хватающегося за всё человека, либо, наоборот, того, кто работает руками — например, кожевника или мастера, проверяющего качество ткани. Также существует менее распространённая версия, что в основе лежит «чуп» — короткий хохол, вихор (сравните с «чуб»). В таком случае прозвище могло относиться к человеку с непослушными волосами.

Суффикс -айла — яркая примета западнорусского, в основном украинского, ономастикона. Такие фамилии (Чупайла, Ламайла, Шумила) часто фиксировались на территории Подолья, Волыни, Галиции. В отличие от фамилий на -енко, которые охватили всю Украину, модель на -айла осталась локальной, бытовой, и нередко такие фамилии возникали как уличные прозвища, не успевшие пройти полную паспортизацию.

В официальных документах Российской империи фамилия Чупайла встречается редко. Основной ареал — западные губернии, особенно Волынская и Подольская. После переселений часть носителей оказалась в Сибири и на Дальнем Востоке, где фамилия могла искажаться при записи в метрических книгах.

Сословной привязки у фамилии нет: Чупайлами могли быть и крестьяне, и казаки, и мещане. В отличие от дворянских фамилий на -ский, эта фамилия не несёт указания на владение землёй. Она — чисто прозвищная, уличная, и её значение со временем стёрлось, оставив только звучание.