Фамилия Чупайло — яркий пример того, как украинская и белорусская ономастика по-своему переосмыслила общеславянские корни. В отличие от распространённых фамилий на -ов или -ин, суффикс -айло сразу выдаёт юго-западное происхождение. В украинском и белорусском языках этот суффикс часто образует прозвища от глаголов, причём с оттенком активного, иногда навязчивого действия: кричило, ловило, ходило. Чупайло — не исключение.

Основа фамилии — глагол «чупати» или «чупляти». В украинских говорах это слово означало «щупать», «трогать», «хватать». В польском языке есть близкое «czupać» — «щипать», «теребить». Таким образом, прозвище Чупайло мог получить человек с беспокойными руками, который всё время что-то трогал, перебирал, не мог усидеть спокойно. Впрочем, не исключён и переносный смысл: так могли назвать назойливого, приставучего человека, который постоянно «цеплялся» к другим.

Другая, менее очевидная версия отсылает к диалектному слову «чупа» — так в некоторых областях называли кисточку, хохолок или чуб. Тогда Чупайло — обладатель заметного чуба, что было типично для запорожских казаков. Эта версия менее вероятна, поскольку модель с суффиксами -айло/-яйло обычно образуется именно от глаголов, а не от существительных.

Встречается фамилия в старых реестрах казаков, в частности на Черниговщине и Полтавщине. В XIX веке носители фамилии упоминаются среди крестьян и мещан Волынской и Киевской губерний. В России фамилия редкая, встречается в основном в южных областях и среди потомков переселенцев с Украины.

Что касается ударения — в русском языке оно обычно падает на второй слог: Чупа́йло. В украинском варианте возможно ударение на первый слог: Чу́пайло. Разница отражает местную произносительную норму, а не разное происхождение.