Фамилия Чустеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «чуст» — не встречается в современных русских говорах как нарицательное слово, поэтому для разбора приходится обращаться к тюркским языкам и исторической географии.

Самый вероятный источник — топоним Чуст. Это город в Наманганской области Узбекистана, известный с IX–X веков. Если предок носителя фамилии происходил из Чуста или долго там жил, его могли прозвать «чустец» или «чуст» — по месту. Суффикс -ев в русских фамилиях часто присоединяли к основам на мягкий или шипящий согласный, что здесь и произошло: Чуст → Чустеев. «Чустеев» буквально означает «сын человека из Чуста».

Менее распространённая версия связывает основу с тюркским словом «чюст» или «чуст» — «быстрый», «проворный». В этом случае фамилия могла быть прозвищной: Чуст — быстрый человек, а его потомки стали Чустеевыми. Однако топонимическое объяснение выглядит надёжнее, поскольку фамилии, образованные от названий городов и сел (особенно восточных), в русской среде встречаются реже, чем прозвищные, и потому хорошо выделяются.

Фамилия Чустеев не фиксируется в массовых списках русских дворянских родов и не встречается в старых писцовых книгах центральной России. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию, а сама фамилия могла закрепиться в XIX веке, когда переселенцы из Средней Азии или Поволжья получали фамилии по месту прежнего жительства. Географически сегодня Чустеевы встречаются единично, в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически были контакты с тюркским населением.

В написании фамилии возможна путаница с Чустовым или Чустюевым, но суффикс -еев однозначно указывает на происхождение от основы на мягкий согласный (Чустъ → Чустеев), а не на твёрдый (Чуст → Чустов). Это дополнительный аргумент в пользу того, что исходное прозвище или название звучало как «Чустец» или «Чуст» с мягким окончанием.