Фамилия Данюхина — женская форма фамилии Данюхин. В основе лежит имя или прозвище Данюха, которое, в свою очередь, является производной формой от крестильного имени Даниил. В русской народной традиции это имя сокращали до Даня, а от него с помощью суффикса -юх- (как в именах Петюха, Ванюха) образовывали обиходную, почти ласкательную форму Данюха. Такой суффикс характерен для севернорусских и сибирских говоров, где он придавал имени оттенок фамильярности или принадлежности к «своим» в деревенской среде.

Сама фамилия Данюхин образована по патронимической модели: Данюха — сын Данюхи, то есть «чей?» — Данюхин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу, как в фамилиях Путятин, Репнин. Мужская фамилия Данюхин, а женская — Данюхина. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, модель на -ин часто указывает на основу, оканчивающуюся на гласный или мягкий согласный, что и произошло в случае с прозвищем Данюха.

Интересна география фамилии. Данюхины встречаются преимущественно в старых русских регионах: в Вятской губернии (современная Кировская область), в Пермском крае и на Урале. Это неслучайно: именно в этих краях суффикс -юха был особенно живуч вплоть до XIX века. В центральных губерниях чаще использовали форму Даня, от которой пошла фамилия Данин, а вот Данюхин — маркер северного или уральского происхождения рода.

Сам Даниил — имя древнееврейского происхождения, означающее «Бог мой судья». В народном сознании оно прочно ассоциировалось с библейским пророком Даниилом, но в быту превратилось в десятки обиходных вариантов: Даня, Данила, Данюха, Данилко. Фамилия Данюхина, таким образом, несёт в себе не только отчество, но и отпечаток той речевой среды, где ценили «свои», доморощенные формы имени, а не книжные.

Встречаются варианты написания с одной «н» (Данюхина) и с двумя (Даннюхина), но второй — редкая орфографическая ошибка, не связанная с происхождением. Носительница фамилии Данюхина может с высокой вероятностью предположить, что её предки были крестьянами или посадскими людьми из северных или уральских земель, а корень фамилии — в народном имени, которое когда-то звучало тепло и по-свойски.