Фамилия Деогенов — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а греческое имя, и суффикс здесь неслучаен. Разберем её по составу: корень «Деоген-» и типичный русский суффикс принадлежности «-ов». Основа восходит к греческому имени Диоген (Διογένης), что означает «рожденный Зевсом» (от «Диос» — Зевс и «генос» — род, происхождение). На русской почве имя могло трансформироваться в народные формы вроде Деоген или Диоген — под влиянием акающего произношения (безударное «и» звучало как «е») и упрощения.

Фамилия образована по модели отчества: «чей?» — Деогенов, то есть сын Деогена. Такие фамилии на «-ов» типичны для центральной России и севера, но вот само имя Диоген в крестьянской среде встречалось редко. Чаще его давали в духовном сословии — семинаристам, которым при поступлении в училище нередко меняли фамилии на «благозвучные» греческие. Поэтому Деогеновы, скорее всего, происходят из среды русского духовенства или, реже, из семей, где чтили античную культуру.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Деоген, которое давали человеку за философский склад ума или эксцентричное поведение — в память о знаменитом кинике Диогене Синопском. Но для русского быта это слишком книжный вариант, и подтверждений ему нет.

Географически фамилия крайне редкая, не привязана к одному региону. Встречается единичными случаями в старых метрических книгах XIX века, преимущественно в южных губерниях — там, где было сильнее греческое влияние через торговлю или церковные связи. В советское время фамилия почти исчезла: носители могли сменить её на более привычную Деев или Денисов, чтобы избежать вопросов.

Сегодня Деогеновы — это, скорее всего, потомки тех самых семинаристов или обрусевших греков, сохранивших уникальную фамилию как семейную реликвию. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что делает каждый её случай по-своему ценным для генеалогии.