Фамилия Дейнерайте — одна из тех, что сразу выдают литовское или балтийское происхождение. Её основа — литовская фамилия Дейнарас (Deinaras) или Дейнорас (Deinoras), которая, в свою очередь, образована от литовского слова «deina» — «доля, часть, надел». В древности так могли прозвать человека, получившего земельный надел, либо того, кто отвечал за распределение долей в общине. Суффикс -айт- (-aitė) — типичный для литовских женских фамилий, указывающий на незамужнюю женщину или дочь. Таким образом, Дейнерайте — это «дочь Дейнараса» или «девушка из рода Дейнаров».

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком в русском контексте: она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. Это прямое заимствование из литовского языка, сохранившее родовой суффикс. Встречается она преимущественно в тех регионах, где исторически было сильное литовское или смешанное население — на западе Беларуси, в восточной Литве, а также среди потомков литовцев, переселившихся в Сибирь или Прибалтику в XIX–XX веках.

Интересно, что мужской вариант фамилии — Дейнарас — мог иметь и другую трактовку. В литовском языке есть слово «deinėti» — «делить, распределять», что усиливает версию о прозвище, связанном с разделом имущества или земли. Встречается также форма Дейнорас, где корень «dein-» мог быть переосмыслен под влиянием диалектов. Споров между версиями почти нет: все они сходятся на том, что фамилия восходит к хозяйственно-распределительной деятельности предка.

В русских документах фамилия нередко писалась с вариациями: Дейнорайте, Дейнарайт, а иногда и с русифицированным окончанием — Дейнарова. Но исходная форма Дейнерайте — самая точная, так как сохраняет литовскую морфологию. Носителей этой фамилии немного, и она не попала в массовые справочники русских фамилий, зато хорошо известна в литовской ономастике как пример фамилии, образованной от нарицательного слова, а не от имени.