Фамилия Дирютин — редкий случай в русской ономастике, где на первый план выходит не очевидное прозвище, а разговорная или диалектная основа. В её основе лежит слово «дирюга» или «диря» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли неопрятного, неряшливого человека, буквально «дырявого», то есть того, у кого одежда в дырах. Корень тот же, что и в слове «дыра», но с характерным смягчением, свойственным просторечию. Соответственно, Дирютин — это потомок человека, которого в округе прозвали Дирютой за небрежный вид или бедность.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин, которая в русском языке закреплялась за основами на -а, -я. То есть прозвище Дирюта (или Дирютина) дало притяжательное прилагательное «Дирютин сын», которое со временем стало наследственной фамилией. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека, что характерно для крестьянских и мещанских фамилий центральной России.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто связаны с мирскими именами на -о (Дмитро, Петро), фамилии на -ин от прозвищ на -я встречаются реже. Это делает Дирютина интересным примером: у него нет очевидных «родственников» вроде Дырова или Дыряева, потому что основа ушла в диалект. В письменных источниках фамилия фиксируется в основном в Воронежской, Курской и Тамбовской губерниях — регионах, где южнорусское «д» смягчали, а слово «диря» было в ходу.

Спорных версий происхождения немного. Можно было бы предположить связь с личным именем Дирюта как вариантом Дионисия или Дмитрия, но такая гипотеза слаба: ни в святцах, ни в древнерусских именниках подобной формы нет. Гораздо правдоподобнее, что перед нами прозвищная фамилия, отражающая бытовую характеристику предка, — без прикрас, но с точным диалектным словом.