Фамилия Доенин — редкий случай, когда суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Она образована по модели «-ин», которая в русских фамилиях закреплялась за основами на -а, -я. Значит, в основе лежало слово или имя, оканчивавшееся на гласный: Доеня, Доена или, что вероятнее, Доя. Но откуда взялось «Доен-»?

Самая прямая версия — отчество от прозвища или неканонического имени Доя. В русских говорах «доя» или «дой» — это не только процесс доения, но и прозвище доильщика, скотника, человека, который ухаживал за дойными коровами. В крестьянской среде, где фамилии массово оформлялись в XIX веке, такое занятие было обычным делом, и прозвище легко закреплялось за родом. Фонетически форма «Доенин» — это «чей?» — «Доенин сын», то есть потомок Дои.

Менее вероятна, но возможна связь с церковным именем Дорофей через его уменьшительную форму. Дорофей в быту мог сокращаться до Дор, Доря, а в некоторых говорах — до Доя. Однако такое стяжение встречается редко, и для фамилии Доенин оно дало бы скорее вариант Дорин или Доронин. Поэтому бытовая, «коровья» версия выглядит убедительнее: предок был пастухом или дояром.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где скотоводство было основой хозяйства. В документах XIX века Доенины встречаются в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях — как раз в зоне активного распространения отчеств на «-ин» от прозвищ по роду занятий.

Суффикс «-ин» в данном случае не просто грамматический показатель, а маркер социального слоя: в отличие от фамилий на «-ов», которые могли давать и дворянам, «-ин» чаще закреплялся за крестьянами и мещанами. Так что Доенины — это, скорее всего, потомки сельских работников, чьё прозвище точно описывало их ежедневный труд.