Фамилия Доенина — женская форма мужской фамилии Доенин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Дое́ня. Такие имена на -еня в старину были распространены в северных и центральных русских говорах: они звучали ласково или уменьшительно, но при этом могли относиться и к взрослому человеку.

Корень здесь — «до-», который чаще всего связывают с глаголом «доить» или существительным «дойка». Дое́ней могли прозвать человека, чья работа была связана с дойкой коров, коз или овец. В крестьянском быту это занятие было повседневным, но требовало сноровки, так что прозвище могло закрепиться за пастухом, скотником или просто хозяином, который славился своим умением. Реже встречается версия, что Дое́ня — производное от канонического имени Дорофей (в народной форме Дороня), но она менее убедительна, потому что суффикс -еня в этом случае редко давал основу на «до-».

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Дое́ня → притяжательное прилагательное Доенин («сын Дое́ни») → фамилия Доенин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду конкретного человека, а не на географическое происхождение. Такие фамилии в основном бытовали в среде крестьян и мещан, особенно в регионах, где было развито молочное животноводство: Вологодчина, Ярославщина, Костромская земля.

Встречаемость фамилии невысокая, и это делает её особенно ценной для семейной истории: в отличие от «популярных» фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Доенины в архивных документах легко отслеживаются по одной местности. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в метрических книгах и ревизских сказках северных губерний.