Фамилия Денина принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин. Такие фамилии образовывались от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и отвечали на вопрос «чей?». В основе Дениной лежит краткая форма крестильного имени Денисий (церковное Дионисий). В быту это имя часто сокращали до Деня, Дёня или Дени, что и стало основой для фамилии. Другими словами, Денина — это «дочь (или жена) Дени», то есть человека, которого в обиходе звали Деней.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с прозвищем Деня. В некоторых говорах «деня» означало «деньга», «монета», но скорее это было ласкательное обращение или прозвище, данное по характеру. Однако в подавляющем большинстве случаев корень ведёт к имени Денис, а не к деньгам.

Интересно, что фамилия Денина встречается не только в центральной России, но и на Урале, и в Сибири. Это говорит о том, что основатель рода мог быть переселенцем или служилым человеком, который в XVI–XVII веках осваивал новые земли. В переписных книгах того времени нередко фиксировали крестьян и посадских людей с таким именованием.

С точки зрения словообразования, фамилия Денина стоит в одном ряду с Анисина, Фомина, Савина — все они образованы от просторечных форм канонических имён. Ударение в фамилии обычно падает на первый слог: Де́нина, но в некоторых регионах можно услышать вариант Дени́на.

В отличие от фамилий на -ов, которые могли указывать на принадлежность к роду, фамилии на -ин часто подчёркивали прямое родство с конкретным человеком. Таким образом, первый Денин — это, скорее всего, не просто чей-то потомок, а именно сын или дочь Дени. Эта особенность делает фамилию более личной и «короткой» по происхождению.