Фамилия Ден — короткая, но с несколькими возможными корнями. Чаще всего её связывают с англо-шотландской традицией. Согласно одной из версий, фамилия закрепилась как сокращённая форма имени Дэниэл, которое пришло из древнееврейского и означает «бог мой судья». Другой вариант — прозвище Дэн, которое в германских языках давали выходцам из Дании, то есть датчанам. Существует и староанглийское личное имя Дэн, которое переводится как «из дубовой долины». С равной долей вероятности фамилия Ден могла возникнуть от любой из этих основ.

В русской среде фамилия Ден встречается редко, но её носители часто оказываются потомками обрусевших иностранцев. В XVII веке среди дворянских родов было модно возводить свою генеалогию к западноевропейским предкам, иногда на основе фантастических родословных. Тем не менее для ряда фамилий англо-шотландского происхождения, включая Ден, этимология устанавливается с несомненной подлинностью — чаще всего через документальные записи о переселенцах или военных специалистах, приглашённых в Россию.

С точки зрения словообразования, фамилия Ден не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин), что сразу указывает на её иноязычное происхождение. Она относится к группе так называемых «застывших» форм, где фамилия совпадает с исходным именем или прозвищем без дополнительных окончаний. Это делает её похожей на другие европейские фамилии-односложки, которые в русском языке не склоняются.