Фамилия Доненков — это отчество второго порядка, то есть образованное по цепочке: внук Дони, сын Доненко. Такие трёхступенчатые модели (Доня → Доненко → Доненков) были особенно распространены на украинских землях в XVII–XVIII веках, а затем закрепились и в русской фамильной системе, когда носители переселялись в центральные и южные губернии.

Основа фамилии — сокращённое имя Доня, которое в быту заменяло полное имя Даниил. Даниил в переводе с древнееврейского означает «судья мой — бог». Уменьшительная форма Доня возникла естественным путём: отсечением части корня и добавлением суффикса -я, характерного для ласкательных имён (ср. Ваня, Митя, Тоня). Однако это не единственная версия происхождения. В народной среде Доня могло быть вариантом имён Авдон (библейское, встречавшееся в святцах) или Донат (от латинского donatus — «дарёный»). Обе гипотезы имеют право на существование, но первая — от Даниила — выглядит убедительнее хотя бы по частоте употребления: Даниил был одним из самых популярных имён в крестьянской среде.

Суффикс -енк- в промежуточном отчестве Доненко указывает на «малого» или сына: Доненко — это буквально «маленький Доня» или «сын Дони». Такая модель отчества была типична для левобережной Украины, особенно для Полтавщины и Черниговщины. Когда носители фамилии Доненко оказывались в великорусских регионах, их потомки нередко русифицировали окончание, добавляя -ов, — так и появился Доненков.

Географически фамилия Доненков встречается нечасто, но устойчиво фиксируется в Брянской, Курской и Ростовской областях — как раз на стыке украинского и русского ареалов. Встречаются и параллельные формы: Доненко (без русификации), Доненковский, а также более редкие Донин и Доняев. Все они восходят к одному корню — имени Доня, но различаются суффиксами и историей бытования.

Таким образом, предки современных Доненковых — это, скорее всего, выходцы из украинских земель, носившие отчество Доненко. Их собственное имя или прозвище Доня могло относиться к человеку по имени Даниил, а в отдельных случаях — к носителю редких имён Авдон или Донат.