Фамилия Доненкова образована от мужского прозвища или имени Доня. Чаще всего Доня — это народная, сокращённая форма церковного имени Даниил. В переводе с древнееврейского Даниил означает «судья мой — Бог». В старину такие усечённые имена (Доня, Даня, Данко) были в ходу в повседневной речи, особенно в крестьянской и посадской среде.

Реже основой могло послужить имя Авдон (древнееврейское «раб, слуга») или Донат (от латинского «дарёный»). Обе версии возможны, но менее распространены, чем связь с Даниилом. Сама фамилия — отчество второго порядка, то есть «внук Дони». Сначала именем Доня называли отца, его сын становился Доненко («маленький Доня», то есть сын Дони), а уже внук записывался как Доненков.

Суффикс -енк(о) характерен для украинской и южнорусской ономастики. Он указывает на происхождение рода с территорий современной Украины или южных областей России. Фамилия Доненкова — женская форма, закрепившаяся в документах за женщинами из этого рода. Скорее всего, основатель семьи был человеком простого звания: крестьянином, ремесленником или казаком. Дворянских корней у этой фамилии не прослеживается, что подтверждает её «народное» происхождение.