Фамилия Доненковы образована по модели, характерной для южнорусских и украинских земель. В её основе лежит имя Доня — народная, сокращённая форма целого ряда крестильных имён. Чаще всего Доней называли Даниила (с древнееврейского — «судья мой — Бог»). Реже, но тоже вероятно, что прозвище Доня восходит к именам Авдон или Донат.

Сначала от имени Доня образовали отчество первого порядка: Доненко. Суффикс -енко в украинской и белорусской традиции означал «сын», «потомок»: Доненко — буквально «маленький Доня», сын Дони. Затем, когда носители фамилии Доненко оказались в великорусской среде, фамилию адаптировали под местные нормы, добавив типичный русский суффикс -ов. Так появилось отчество второго порядка: Доненков — «сын Доненко и внук Дони».

Таким образом, фамилия Доненковы — наглядный пример того, как славянские фамильные модели наслаивались друг на друга. Она фиксирует не только имя предка, но и миграцию семьи: украинский суффикс -енко и русский -ов в одной фамилии указывают на переход носителей из южнорусской традиции в северную или центральную. Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно, но сам факт двойного словообразования — редкая деталь, которая сразу выделяет Доненковых среди фамилий с более простой структурой.