Фамилия Дойдин — одна из тех, где на первый взгляд ясный корень на деле оказывается неоднозначным. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Дойды), остаётся основа Дойд-.

Самый прямой путь — личное имя или прозвище Дойда. В русских говорах слово «дойда» фиксировалось в значении «неповоротливый, медлительный человек», иногда с оттенком «простофиля». Такие прозвища по характеру охотно превращались в фамилии — носитель получал имя по самому заметному качеству. Однако есть и другая версия: в некоторых южнорусских и украинских говорах «дойда» означало «кормилец», «тот, кто доит» (от глагола «доить»). В этом случае прозвище могло закрепиться за пастухом или хозяином дойного скота. Какая из версий вернее — сказать трудно, но обе укладываются в логику народной ономастики.

Суффикс -ин в фамилии — типично русский патронимический формант, характерный для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В отличие от -ов/-ев, он не привязан к твёрдому или мягкому согласному, а просто добавляется к женскому или мужскому имени на -а. Дойдин — значит «сын Дойды», а не «принадлежащий Дойду», что лишний раз подтверждает прозвищное происхождение.

Географически фамилия редкая. Наибольшая концентрация носителей — в Поволжье и на Урале, что может указывать на миграцию крестьян в XVIII–XIX веках. В центральных областях России Дойдины почти не встречаются. Встречается также вариант написания Дойдын (с буквой «ы» вместо «и»), но он ещё реже. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через «о» — Дойдин с ударением на первый слог, что типично для кратких прозвищных основ.