Фамилия Дубеева — женская форма фамилии Дубеев, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое звучало как Дубей. Основа здесь — корень «дуб», но не в прямом значении «дерево», а скорее как характеристика человека. В русских говорах «дубом» или «дубиной» называли упрямого, крепкого, иногда простоватого человека, а «дубеем» — того, кто «дубеет», то есть медленно соображает или застывает в упрямстве. Однако есть и вторая, более редкая версия: в некоторых диалектах «дубей» означало «дубильщик кож» — ремесленник, обрабатывавший кору дуба для выделки. Тогда фамилия указывала на профессию предка.

Суффикс -еев в фамилии Дубеев — вариант более частого -ев, который присоединяли к основам на -й. То есть сначала было прозвище Дубий или Дубей, а от него образовали притяжательное прилагательное «Дубеев сын» — со временем закрепившееся как фамилия. Модель образования типична для русских фамилий северных и центральных губерний, где такие формы встречались чаще, чем на юге. В отличие от фамилий на -ов (Дубов), суффикс -еев указывает на более мягкую основу, что может говорить о местном произношении прозвища.

Географически фамилия Дубеева редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в Поволжье и на Урале — в Пермской и Вятской губерниях, где были распространены кожевенные промыслы. Это косвенно поддерживает версию о ремесле: дубильщики кожи (дубеи) селились там, где рос дуб и была вода для обработки. Но не исключено, что фамилия возникла независимо в разных местах от одного и того же прозвища.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -ей разбираются как характерные для прозвищной группы: они описывали поведение или внешность, реже — профессию. Поскольку фамилия Дубеева не входит в число распространённых, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из широкого крестьянского массива. Сословная принадлежность предков могла быть разной: от государственных крестьян до мастеровых, но дворянских корней у этой фамилии нет — в родословные книги она не попала.