Фамилия Дубаева ставит перед исследователем непростой выбор: она могла возникнуть в совершенно разных языковых и культурных средах. Первая, самая распространённая версия связывает её со славянским прозвищем Дуба, в основе которого лежит слово «дуб». В смоленских говорах, например, Дубом или Дубой называли человека честного и непоколебимого, с твёрдым характером. Прозвище могло достаться и тому, кто жил в дубовой роще или славился физической силой — дубовой крепостью. Давая ребёнку такое имя, родители как бы передавали ему качества могучего дерева, надеясь, что природа примет его как своего.

Однако корни фамилии могут уводить и на восток. По тюркской версии, в основе лежит мужское имя Дубай. Оно происходит от слова «дуба» (молитва, благопожелание) — так называли ребёнка, желая ему счастья и благополучия. В этом случае фамилия оказывается не прозвищем, а прямым наследником личного имени.

Есть и третья, промежуточная версия: прозвище Дубай могло возникнуть и в славянской среде — опять же от «дуба», но с другим суффиксом. Дубаем называли того, кто обитал в дубраве или был могуч, как дуб. Таким образом, фамилия Дубаева — редкий случай, когда одинаково убедительны и славянская, и тюркская этимологии, и выбор между ними зависит от того, в какой местности жили предки конкретного носителя.