Фамилия Дубаев звучит на стыке двух языковых традиций — тюркской и славянской, и обе версии её происхождения имеют право на существование. Первая и наиболее распространённая гипотеза связывает фамилию с восточным мужским именем Дубай. В тюркских языках слово «дубай» означает не название города, а молитвенное пожелание благополучия. Такое имя давали ребёнку как оберег или напутствие на счастливую жизнь, и со временем от него по обычной модели образовалась фамилия с суффиксом -ев (Дубай → Дубаев). Эта версия логична и хорошо вписывается в ономастику народов Поволжья и Кавказа, где имена-пожелания встречаются часто.

Вторая версия — славянская. Если отбросить восточный след, то в основе фамилии может лежать прозвище Дубай, образованное от слова «дуб». В русских говорах прозвища по деревьям давали по разным причинам: за крепкое телосложение, упрямство, а иногда и за место жительства — в дубраве или рядом с дубовым лесом. Суффикс -ай в таких прозвищах (ср. Бодай, Долбай) встречается, хоть и не так часто, как стандартные -к- или -л-. Однако эта версия слабее тюркской: фамилии на -ай в чисто русской среде редки, и без дополнительных диалектных подтверждений выводить Дубаева напрямую от «дуба» рискованно.

География фамилии тоже подсказывает, что вероятнее восточное происхождение. Дубаевы встречаются среди чеченцев, ингушей, кумыков и других народов Северного Кавказа, где имя Дубай (или Дуба) известно в родовых именах. В русских регионах фамилия редка и часто оказывается результатом поздней русификации тюркских или кавказских фамилий. Так что, скорее всего, предки носителя фамилии Дубаев — люди, которым при рождении желали добра и удачи, а не те, кто жил в дубовом лесу.