Фамилия Дубенкина — женская форма фамилии Дубенкин. Её основа, Дубенка, имеет два равновероятных источника, и оба заслуживают внимания.

Первый и самый очевидный — топонимический. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта: Дубенка, Дубенки, Дубенское. Таких сёл и деревень в России множество, особенно в центральных и южных областях. Тогда Дубенкин — это «выходец из Дубенки», то есть прозвище, закрепившееся за переселенцем. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Дубенкин, то есть сын Дубенки (человека, прозванного по месту).

Второй вариант — от прозвища Дубенка, которое давали человеку, жившему у дубравы, работавшему с дубом или обладавшему «дубовым» характером: упрямому, крепкому, несгибаемому. В русских говорах «дубенка» — это также вид дубины, толстой палки, что могло закрепиться за плотником или лесорубом.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков. Суффикс -ин формирует притяжательную форму от основ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образуются от мужских имён и прозвищ на согласный, Дубенкин стоит в ряду таких фамилий, как Кожин, Сапожкин, Головин — то есть от слов женского рода или прозвищ с окончанием -а.

Версия о происхождении от имени Дубеня или Дубан (редкие неканонические имена, связанные с дубом) менее вероятна: от них мы бы получили Дубенев или Дубенёв, а не Дубенкин.

Фамилия не относится к дворянским и не встречается в родословных книгах. Её носители — крестьяне, ремесленники, однодворцы южных губерний. По данным современных переписей, Дубенкины чаще всего встречаются в Воронежской, Липецкой и Тамбовской областях, что косвенно подтверждает связь с местными топонимами в чернозёмной полосе.