Фамилия Дубына образована от прозвища, которое дали человеку с крутым, упрямым или несговорчивым нравом. В основе лежит нарицательное «дубина» — в переносном значении так называли не только глуповатого, но и твёрдого, непробиваемого, упёртого человека. В говорах слово могло означать «рослый, сильный, как дуб» — прозвище не обязательно несло отрицательный оттенок, иногда его давали за физическую мощь или надёжность.

Словообразовательная модель здесь необычна: фамилия сохранила форму прозвища без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Такие «неоформленные» фамилии (как Шевченко, Коваль, Дубына) чаще встречаются на западе и юге России, в украинских и белорусских землях, где патронимы долго не застывали в стандартные суффиксальные модели. Дубына — скорее всего, выходец из этих регионов, и фамилия закрепилась в документах именно в той форме, в какой прозвище бытовало в речи.

Чередование «б/п» в корне (дуб — дубина) здесь не отражает фонетических процессов: оба слова восходят к общеславянскому *dǫbъ. Прозвище Дубына — прямое производное от «дубина» с суффиксом -ин-, который в восточнославянских языках мог указывать на единичный предмет или носителя признака. В ономастике известны параллельные фамилии: Дубин, Дубинин, Дубинов — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Дубына стоит особняком: она сохранила исходную прозвищную форму без дальнейшей русификации.

В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ына рассматриваются как характерные для украинской и белорусской традиции, где ударение часто падает на последний слог. Фамилия Дубына не упоминается в ранних боярских списках или переписях XVII века — её носителями были, вероятно, крестьяне или казаки. В современных справочниках фамилия редкая, встречается точечно в западных областях России и на Украине.

Если искать социальный контекст: прозвище Дубына вряд ли давали знатному человеку. В крестьянской и казачьей среде такие прозвища были обычны — они закрепляли внешнюю или внутреннюю черту, и потомки получали фамилию без изменений. В этом смысле Дубына — прямая, нелитературная, живая фамилия, которая не прошла через канцелярскую обработку.