Фамилия Дудеров отталкивается от простого и звонкого слова «дуда» — так в старину называли дудку, один из самых доступных музыкальных инструментов. Основа фамилии — прозвище Дудер. Скорее всего, его давали тому, кто умел играть на дудке или сам делал эти инструменты. В крестьянском быту дудка была не просто забавой: под неё плясали, водили хороводы, а в некоторых местах пастухи подавали сигналы. Поэтому прозвище могло закрепиться и за музыкантом-самоучкой, и за ремесленником, вырезавшим дудки из дерева или тростника.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Дудера». Если бы прозвище звучало как Дуда, фамилия стала бы Дудин, но форма Дудер, с редким суффиксом -ер, встречается нечасто. Такое окончание чаще свойственно украинским и белорусским прозвищам, так что не исключено, что корни фамилии уходят в западнорусские земли, где слово «дударь» (музыкант, играющий на дуде) было особенно распространено. В польском языке есть родственное «dudarz» — тот же смысл.

Встречаются и другие версии, но они менее убедительны. Например, иногда Дудер связывают с диалектным глаголом «дудеть» — надоедливо повторять одно и то же. Однако прозвища по профессии или инструменту в те времена давали чаще, чем по черте характера, так что версия с музыкантом выглядит естественнее. Фамилия Дудеров не слишком частая, но встречается в разных регионах — от центральной России до Поволжья, что подтверждает её давнее бытование среди крестьян и мастеровых людей.