Фамилия Дудоева, скорее всего, имеет кавказские корни и связана с известной чеченской фамилией Дудаев. В основе лежит имя Дуда, точное значение которого спорно, но есть версия, что оно восходит к чеченскому «дIуьтIа» — «великан». Родители могли дать такое имя ребенку с пожеланием вырасти крепким и сильным человеком.

Однако есть и другая, славянская версия происхождения. Согласно ей, фамилия образована от прозвища Дудо, которое давали либо музыканту, игравшему на дудке (простом духовом инструменте из камыша или коры), либо пастуху, который на ней играл. Дудка в старину была инструментом пастухов и нищих, её редко использовали вместе с гудком или балалайкой. Мастер, делавший такие дудки, тоже мог получить прозвище Дудо. Есть и бытовая гипотеза: «дудой» в некоторых говорах называли человека, который много пьет — кваса, браги или воды, то есть «дудит».

Какая из версий верна для конкретного рода Дудоевых, можно выяснить только через генеалогическое исследование. Фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ев, что типично для фамилий, образованных от прозвищ или имен на мягкий согласный.