Фамилия Дудонов — одна из тех, что хранит в себе звук. В её основе лежит корень «дуд-», который в русских говорах имел два основных значения: либо музыкальный инструмент (дудка, дуда), либо действие, связанное с игрой на нём или издаванием похожего звука. Соответственно, первый и самый очевидный вариант происхождения — прозвище Дудон, которое давали человеку, игравшему на дудке, либо тому, кто постоянно напевал, насвистывал или говорил громко и монотонно.

Менее известная, но лингвистически оправданная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «дудонить» — дуть, пыхтеть, тяжело дышать. В этом случае прозвище Дудон могло закрепиться за человеком тучным, медлительным или просто запыхавшимся от работы. Оба объяснения не противоречат друг другу: народная этимология часто объединяла внешность и привычку.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе Дудон добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Дудона» или «из семьи Дудона». Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде крестьян и посадских людей, где прозвище отца переходило к детям как родовое имя. Дворянских корней у Дудоновых, скорее всего, нет — это фамилия простого сословия.

Интересно, что фамилия Дудонов встречается заметно реже, чем её родственники Дудкин, Дудников или Дудко. В этом проявляется региональная особенность: форма с суффиксом -онов (а не -ов) характерна для южнорусских и украинских говоров, где имя или прозвище на -он давали чаще. Поэтому географически фамилия тяготеет к чернозёмным областям, Поволжью и отчасти к казачьим территориям.

В написании фамилии возможна путаница: её нередко записывают как Дудоннов (с двумя «н»), но исторически верна форма с одной «н». Двойное «н» — результат поздней ошибки в документах, когда суффикс -ов механически добавляли к основе, уже имевшей конечное «н» в прозвище, хотя по правилам русской орфографии в таких фамилиях пишут одну «н».