Фамилия Додонов образована от мирского имени Додон. В основе лежит не церковное, а бытовое имя, и его происхождение скорее всего литературное. Самая убедительная версия связывает имя Додон с героем «Повести о Бове Королевиче» — царём Додоном. Это произведение, рыцарская повесть, пользовалось на Руси в допетровское время огромной популярностью: до нас дошло около ста рукописей и примерно двести лубочных изданий. Имя персонажа настолько прижилось, что его стали давать детям как мирское, не связанное с христианскими святцами.

Менее вероятна версия, что Додон — прозвище. Во владимирских говорах так могли назвать неуклюжего, неловкого человека, а в сибирских — низкорослого. Однако популярность «Бовы Королевича» делает книжное происхождение имени основным. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Додонов — это «сын Додона» или потомок человека с таким именем.

Интересно, что в русских говорах слово «додон» имело и другие значения, например, «баловень», «избалованный ребёнок». Это могло подкрепить прозвищную версию, но не отменяет главной — литературной. В любом случае, фамилия Додонов — одна из тех, что обязана своим появлением не церковному календарю, а народной культуре и книжности.