Основой фамилии Додонова послужило мирское имя Додон. Нецерковное имя Додон, скорее всего, было заимствовано из очень популярной в старину «Повести о Бове Королевиче», одним из героев которой является царь Додон. Из всех рыцарских и авантюрных произведений, бытовавших на Руси в допетровское время, повесть о Бове пользовалась наибольшим успехом. Известно около 100 рукописей и около 200 лубочных изданий. Менее вероятной представляется версия, согласно которой, Додон — это личное прозвище, которое во владимирских говорах обычно давали неуклюжему, неловкому, а в сибирских — низкорослому человеку. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Додон, со временем получил фамилию Додонова.