Фамилия Додонов — одна из тех, где за привычным окончанием -ов скрывается неочевидная история. Если сразу перейти к сути: её основа — мирское имя Додон, а сама фамилия образовалась по стандартной русской модели: к имени отца прибавили суффикс принадлежности -ов, получив «сын Додона».

Самое интересное — откуда взялось само имя Додон. Скорее всего, оно пришло в быт не из церковного календаря, а из литературы. В допетровской Руси огромной популярностью пользовалась «Повесть о Бове Королевиче» — рыцарский роман, переделанный на русский лад. Одним из её героев был царь Додон. Сохранилось около ста рукописей и примерно двести лубочных изданий этой повести — цифры, показывающие, насколько прочно она вошла в народную культуру. Имя полюбилось, и мальчиков стали называть Додонами, не заглядывая в святцы.

Есть и другая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. Во владимирских говорах «додоном» могли назвать неуклюжего, неловкого человека, а в сибирских диалектах — низкорослого. Однако литературное происхождение имени выглядит убедительнее: слишком уж узнаваем и ярок персонаж, чтобы прозвище возникло независимо от него.

Фамилия Додонов фиксируется в разных регионах, но процесс её становления занял не одно столетие. Как и в большинстве крестьянских и мещанских фамилий, окончательное закрепление формы «Додонов» произошло не раньше XVII–XVIII веков, когда имя отца перестало быть просто описанием и превратилось в наследственное родовое имя.