Фамилия Дудуник — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль о нерусской основе. Скорее всего, перед нами фамилия, сформированная в славянской среде, но от слова, которое пришло из тюркских или кавказских языков.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «дудук» или «дудун». В тюркских языках «дудун» (düdün) означает «дым» или «туман». Прозвище Дудун могли дать человеку с дымчатым цветом волос, либо тому, кто жил в дымной, курной избе, либо, в переносном смысле, человеку «туманному», неясному в мыслях или поступках. Второй вариант — от слова «дудук» (düdük), что значит «свирель», «дудка». Тогда прозвище Дудуник получил бы музыкант, пастух, играющий на дудке, или просто любитель посвистеть.

Словообразовательная модель указывает на западноукраинское или белорусское влияние. Суффикс -ик в фамилиях (как в Бондарик, Ковалик) часто встречается в этих регионах. Он мог закрепиться за прозвищем Дудун, превратив его в фамилию сына или человека, связанного с этим прозвищем: «Дудуник» — «сын Дудуна» или «маленький Дудун». В польском языке есть похожая фамилия Dudnik, а в украинском — Дудик, что подтверждает связь с музыкой.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с армянским словом «дудук» (тот же музыкальный инструмент). Однако для армянских фамилий суффикс -ик нехарактерен (там чаще -ян, -янц), поэтому эта гипотеза слабее. Скорее всего, фамилия Дудуник — это украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища музыканта-дударя или человека с «дымной» внешностью. Географически она могла возникнуть на западе современной Украины или в южных областях Беларуси, где были сильны тюркские влияния и распространены фамилии с суффиксом -ик.